Studi Ungkap Keragaman Genetik Hantavirus pada Celurut Asia

PENELITIAN internasional yang melibatkan peneliti Indonesia mengungkap persebaran dan keragaman genetik hantavirus pada celurut rumah Asia (Suncus murinus) di berbagai wilayah Asia. Studi tersebut salah satunya ditulis oleh peneliti Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) Ibnu Maryanto saat masih di Pusat Penelitian Biologi, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) Bogor.

Makalah ilmiah itu terbit di jurnal Frontiers in Cellular and Infection Microbiology pada 27 Agustus 2020 dengan judul “Genetic Diversity and Phylogeography of Thottapalayam thottimvirus (Hantaviridae) in Asian House Shrew (Suncus murinus) in Eurasia.”

Dalam studi tersebut, para peneliti menelusuri persebaran Thottapalayam thottimvirus (TPMV), salah satu jenis hantavirus yang dibawa celurut rumah Asia. “Rodensia murid dan cricetid sebelumnya diyakini sebagai inang reservoir utama hantavirus. Namun, baru-baru ini beberapa hantavirus baru ditemukan pada celurut, tikus mondok, dan kelelawar, yang menunjukkan sejarah evolusi yang kompleks,” demikian tertulis dalam penelitian tersebut. 

Tim peneliti menganalisis 198 sampel jaringan paru celurut dari sejumlah negara Asia. Dari seluruh sampel, hanya dua yang terdeteksi mengandung RNA hantavirus, yakni satu dari Pakistan dan satu dari Myanmar yang dikumpulkan pada 2013. Sampel Pakistan berasal dari Karachi, sementara sampel Myanmar diambil dekat peternakan sapi di Taunggyi, Negara Bagian Shan. 

Hasil analisis menunjukkan strain TPMV Myanmar bernama H2763 memiliki kedekatan genetik dengan strain prototipe TPMV VRC66412 dari India selatan. Sementara itu, strain Pakistan PK3629 menjadi strain yang paling berbeda dalam pohon filogenetik segmen-L dibanding strain lain dari Nepal, India, Myanmar, dan Cina.

Penelitian juga menemukan bahwa strain TPMV cenderung mengelompok berdasarkan wilayah geografis. Strain dari India dan Myanmar berada dalam satu kelompok, sedangkan strain dari Cina membentuk kelompok tersendiri. Temuan itu menunjukkan adanya adaptasi lokal antara virus dan inangnya di berbagai wilayah Asia.

Pada tingkat nukleotida, strain TPMV Myanmar memiliki kemiripan sekuens 79,3–96,1 persen dibanding strain dari Nepal, India, Pakistan, dan Cina. Namun pada tingkat asam amino, tingkat konservasinya tetap tinggi, yakni lebih dari 94 persen.

Analisis filogenetik juga menunjukkan hubungan evolusi yang kompleks antara celurut rumah Asia (Suncus murinus) dan celurut dataran tinggi Asia (Suncus montanus). Berdasarkan analisis DNA mitokondria dan DNA nuklir, peneliti menyebut kedua hewan itu kemungkinan membentuk kompleks spesies hibrida.

Dalam pembahasannya, peneliti menjelaskan bahwa celurut rumah Asia tersebar luas di Asia, Pasifik, Afrika, dan Timur Tengah. Hewan ini hidup dekat permukiman manusia dan diduga ikut menyebar melalui aktivitas perdagangan dan perpindahan manusia sejak lama, mirip dengan tikus genus Rattus.

Studi tersebut juga memperkuat dugaan bahwa hantavirus mungkin pertama kali berevolusi pada celurut, bukan rodensia seperti yang selama ini diyakini. Berdasarkan pola filogenetik, peneliti menduga asal-usul TPMV kemungkinan berada di anak benua India sebelum menyebar ke wilayah Asia lain mengikuti persebaran inangnya.